Seit 01.04.2013

Prof. Dr. rer. nat. habil Adelinde M. Uhrmacher


Forschungsprojekt DiErMoSiS

Diskret-ereignisorientierte Mehrebenenmodellierung und Simulation für die Systembiologie


     Laufzeit:

     Projektkoordination:

     Wissenschaftliche
     Bearbeiter:


     Studentische Hilfskräfte:



     Kooperationsparner:



     Finanzierung:

01.11.2005 bis 15.10.2011

Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. Uhrmacher

Dr.-Ing. Jan Himmelspach • Dr.-Ing. Mathias Röhl • Dr.-Ing. Roland Ewald • Dipl. Inf. Susanne Biermann •   Dipl. Biol. Carsten Maus • Dr.-Ing. Orianne Mazemondet • Dipl. Inf. Stefan Rybacki

Marcel Buchhardt • Enrico Gutzeit • Christian Lemke • Stefan Leye • Stefan Reinke • Sebastian Schwanke • Antje Samland • Mathias Süß • Simon Bartels • Georg Straube • Steffen Torbahn

Neurobiological Lab Universität Rostock
The Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology

Deutsche Forschungsgemeinschaft - DFG  (DFG GEPRIS Link)

Zusammenfassung


Das Projekt beschäftigt sich mit der Entwicklung von Methoden zur Modellierung und Simulation für die Beschreibung von Mehrebenenmodellen in der Systembiologie. Dafür sollen konkrete Modelle generiert werden. Somit wird in diesem Projekt Forschung an Methoden der Modellierung und Simulation mit Forschung zur Generierung von Zellmodellen kombiniert.

Mehrebenenmodelle ermöglichen es, biologische Systeme als bestehend aus individuell interagierenden Entitäten auf unterschiedlichen Ebenen zu beschreiben. Auf diese Weise können räumlich und zeitlich strukturierte Prozesse abgebildet werden. Für die Systembiologie bedeutet dies, dass sowohl Konzentrations Veränderungen als auch das Verhalten einzelner biologischer Entitäten und deren Interaktion durch ein Simulationsmodell explizit wiedergegeben werden können. Die Entwicklung von Mehrebenenmodellen in der Systembiologie wird zunehmend auch von Anwenderseite gefordert. Aus diesem Grund erscheint es dringend geboten, die Mehrebenenmodellierung im Kontext bisheriger Modellansätze systematisch zu untersuchen und spezifische Anforderungen an Simulationswerkzeuge abzuleiten. Zu diesem Zweck sollen konkrete Modelle für zellbiologische Systeme entwickelt werden und ein komponentenbasiertes Simulationssystem, welches das Design und die Simulation von Mehrebenenmodellen unterstützt, entsprechend den identifizierten Anforderungen erweitert und verfeinert werden.