Seit 01.04.2013
Prof. Dr. rer. nat. habil Adelinde M. Uhrmacher
Forschungsprojekt DiErMoSiS
Diskret-ereignisorientierte Mehrebenenmodellierung und Simulation für die Systembiologie
Laufzeit:
Projektkoordination:
Wissenschaftliche
Bearbeiter:
Studentische Hilfskräfte:
Kooperationsparner:
Finanzierung:
01.11.2005 bis 15.10.2011
Prof. Dr. rer. nat. habil. Adelinde M. Uhrmacher
Dr.-Ing. Jan Himmelspach • Dr.-Ing. Mathias Röhl • Dr.-Ing. Roland Ewald • Dipl. Inf. Susanne Biermann • Dipl. Biol. Carsten Maus • Dr.-Ing. Orianne Mazemondet • Dipl. Inf. Stefan Rybacki
Marcel Buchhardt • Enrico Gutzeit • Christian Lemke • Stefan Leye • Stefan Reinke • Sebastian Schwanke • Antje Samland • Mathias Süß • Simon Bartels • Georg Straube • Steffen Torbahn
Neurobiological Lab Universität Rostock
The Microsoft Research - University of Trento Centre for Computational and Systems Biology
Deutsche Forschungsgemeinschaft - DFG (DFG GEPRIS Link)
Zusammenfassung
Das Projekt beschäftigt sich mit der Entwicklung von Methoden zur Modellierung und Simulation für die Beschreibung von Mehrebenenmodellen in der Systembiologie. Dafür sollen konkrete Modelle generiert werden. Somit wird in diesem Projekt Forschung an Methoden der Modellierung und Simulation mit Forschung zur Generierung von Zellmodellen kombiniert.
Mehrebenenmodelle ermöglichen es, biologische Systeme als bestehend aus individuell interagierenden Entitäten auf unterschiedlichen Ebenen zu beschreiben. Auf diese Weise können räumlich und zeitlich strukturierte Prozesse abgebildet werden. Für die Systembiologie bedeutet dies, dass sowohl Konzentrations Veränderungen als auch das Verhalten einzelner biologischer Entitäten und deren Interaktion durch ein Simulationsmodell explizit wiedergegeben werden können. Die Entwicklung von Mehrebenenmodellen in der Systembiologie wird zunehmend auch von Anwenderseite gefordert. Aus diesem Grund erscheint es dringend geboten, die Mehrebenenmodellierung im Kontext bisheriger Modellansätze systematisch zu untersuchen und spezifische Anforderungen an Simulationswerkzeuge abzuleiten. Zu diesem Zweck sollen konkrete Modelle für zellbiologische Systeme entwickelt werden und ein komponentenbasiertes Simulationssystem, welches das Design und die Simulation von Mehrebenenmodellen unterstützt, entsprechend den identifizierten Anforderungen erweitert und verfeinert werden.
